Dawka leku homeopatycznego nie zależy od wieku i wagi pacjenta, istotna jest bowiem nie ilość leku, ale częstotliwość jego przyjmowania i potencja. Pojedyncza dawka w przypadku leku w granulkach (zwykle są dostępne w 4-gramowych tubkach) oznacza zwykle 5 granulek lub 1 dozę, czyli zawartość jednogramowej tubki z mikrogranulkami. Dawkowanie leku dla dziecka jest takie samo jak dla dorosłego.
Leki homeopatycznepowinno się przyjmować pomiędzy posiłkami do czystej jamy ustnej: wystarczy przepłukać usta wodą. Granulki lub tabletki najlepiej jest umieścić pod językiem i poczekać, by się rozpuściły.
Preparatu doustnego nie powinno się dotykać palcami, ale przyjmować bezpośrednio z opakowania; do syropów dołączone są plastikowe miarki dozujące, dostosowane są także do tego zakrętki tubek z granulkami.
Leki homeopatyczne można rozpuścić w małej ilości wody, w szklance lub butelce dla niemowlęcia, bez podgrzewania.
Ponieważ leki homeopatyczne nie wchodzą w interakcje z innymi substancjami leczniczymi, można je stosować jednocześnie zarówno z lekami alopatycznymi, jak i roślinnymi. Warto jednak pamiętać, żeby zachować około 15-minutowy odstęp pomiędzy przyjęciem leku homeopatycznego i/lub innych rodzajów leków, ale również pomiędzy wypiciem np. miętowej herbaty (mocno aromatyczna) lub zjedzeniem ostro przyprawionego dania a zażyciem leku homeopatycznego.
W ostrych stanach zaleca się początkowo częste przyjmowanie leku: co godzinę lub co pół godziny przez pierwsze 24 godziny. W miarę poprawy samopoczucia i stanu klinicznego pacjenta, zwiększa się odstęp między kolejnymi dawkami do 2–3 razy dziennie w ciągu kolejnych dni. Po ustąpieniu objawów, lek homeopatyczny należy odstawić.